CorGO:一种功能相似的基因聚类的综合方法 源码

哥高 一种功能相似的基因聚类的综合方法 相关文章 Pant,N.,Madhumita,M.和Paul,S.CorGO:一种对功能相似的基因进行聚类的集成方法。 跨学科计算生命科学(2021年)。 。 抽象的 共同表达或共同调控的基因组的鉴定对于探索特定疾病(例如癌症)背后的潜在机制至关重要。 研究人员广泛利用从不同平台获得的条件特异性(疾病特异性)基因表达谱,以深入了解疾病的调节机制。 使用基因表达谱开发了几种聚类算法,以识别相似基因的组。 这些算法在计算上是有效的,但是不能捕获基因之间存在的功能相似性,这从生物学角度来看非常重要。 在这项研究中,引入了一种名为CorGO的算法,该算法专门处理功能相似的基因簇的识别。 为此,计算了两种类型的关系。 首先,从基因表达数据中捕获基因之间的相关性(Cor),这有助于根据基因在多个患病样品中的表达来破译基因之间的关系。 其次,利用可用于基因的基于