专业工具autodock

原创-AutoDock使用札记（1）AutoDock在2.0以前使用的是模拟退火算法（SimulatedAnnealingAlgorithm），在其后的版本中改为了拉马克遗传算法(LamarckianGeneticAlgorithm,LGA)。Autodock和Dock一样，都是基于格点（grid）的计算，首先用围绕受体活性位点的氨基酸残基形成box，然后用不同类型的原子作为探针（probe）进行扫描，计算格点能量，然后对配体在box范围内进行构象搜索（conformationalsearch），最后根据配体的不同构象(conformation),方向（orientation）和位置（position）进行评分（scoring），排序（ranki